W 1946 uzyskała reelekcję, lecz wraz z całą swoją partią pozostawała w opozycji. LPA wygrała kolejne wybory w 1949, zaś Lyons, która po raz drugi obroniła swój mandat, została zaproszona do czwartego gabinetu Roberta Menziesa jako wiceprzewodnicząca Federalnej Rady Wykonawczej. Urząd ten ma charakter głównie ceremonialny i nie wiąże się z konkretnymi obowiązkami ministerialnymi. Choć Lyons przyjęła go, była głęboko rozczarowana powierzeniem jej tylko takiego stanowiska, od lat pozostawała zresztą w nie najlepszych relacjach z premierem Robertem Menziesem, który jeszcze w latach 30. był postrzegany jako lider wewnątrzpartyjnej opozycji przeciwko jej mężowi.
Emerytura polityczna W 1951 zrezygnowała ze ubiegania się o kolejną kadencję w parlamencie, co zgodnie z konstytucją Australii eliminowało ją też z grona ministrów. Motywowała to stanem zdrowia: cierpiała na nowotwór nosa, a dodatkowo uskarżała się na bóle miednicy, która uległa uszkodzeniu podczas pierwszego z jej dwunastu porodów. Udało jej się wyleczyć z tych dolegliwości i pozostała aktywna jako działaczka społeczna, publicystka, a także autorka trzech książek wspomnieniowych. Przez jedenaście lat zasiadała w radzie komisarzy (radzie nadzorczej) Australian Broadcasting Corporation. Nigdy nie wyszła ponownie za mąż. Zmarła we wrześniu 1981 roku w wieku 84 lat.