Według legendy plan nowej cerkwi św. Jana Rycerza naszkicował osobiście Piotr I, którego poruszył widok na pół zalanej świątyni i ludzi podpływających do niej na łodziach. Miał on również wyznaczyć nowe, bardziej oddalone od koryta rzeki miejsce dla cerkwi. Możliwe jest jednak, że budowa nowej cerkwi w miejsce zalanej wodą była planowana niezależnie od fundacji carskiej, a jego zainteresowanie budowlą jedynie przyspieszyło ten proces (ziemię pod budowę cerkwi wykupiono jeszcze w 1701). Projekt obiektu opracował Iwan Zarudny, jeden z ulubionych architektów Piotra, on również kierował pracami budowlanymi. Pierwszy ołtarz przyszłej świątyni, poświęcony świętym Guriaszowi, Samonowi i Awiwowi, wyświęcono w 1711, wtedy również rozpoczęły się w niej nabożeństwa. W 1717, gdy nowa murowana świątynia była gotowa, Piotr I przekazał jej złote naczynia liturgiczne. Uroczyste poświęcenie cerkwi odbyło się 12 czerwca 1717 pod przewodnictwem locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego, metropolity riazańskiego i muromskiego Stefana. W 1760 w świątyni wyświęcono drugi ołtarz boczny św. Dymitra z Rostowa.