Od 20 kwietnia do 20 maja 1939 baon prowadził normalne szkolenie, natomiast dowódca wraz z oficerami rozpoznawał teren przyszłych umocnień nad kanałem Augustowskim i BystryJ. Lachowicz, Odpowiedź ..., op. cit., s. 6.. 21 maja 1939 baon rozpoczął prace ziemne na odcinku Białobrzegi – Gniliszki (obecnie Gliniski) – Śluza Borki - Śluza Sosnowo. Rowy przeciwczołgowe i schrony drewniane budowano wyłącznie w lasach bądź na gruntach państwowych. Zakładano również przeszkody z drutu kolczastego. Dowódca baonu został taktycznym kierownikiem robót fortyfikacyjnych.
1 września 1939 baon KOP „Słobódka II” został włączony w skład 3 pułku piechoty KOP, jako III batalion.
Do 13 września 1939 3 pułk piechoty KOP uczestniczył w walkach z wrogiem na Suwalszczyźnie. 13 września 1939 dowodzony przez Lachowicza III batalion został wraz z 3 pułkiem piechoty KOP przetransportowany na Wołyń w rejon Równe–Kostopol, gdzie uczestniczył w walkach z wojskami sowieckimi. Brał udział w walkach z sowietami 21–22 września 1939 w rejonie wsi Borowicze, a 23 września 1939 w rejonie wsi Radoszyn, w gminie Hołoby (powiat kowelski), gdzie po walce z przeważającymi siłami agresora sowieckiego 3 pułk piechoty KOP skapitulowałJ. Lachowicz, Odpowiedź ..., op. cit., s. 76-78..