Zakon odgrywał ważną rolę w Portugalii, jego majątek był wykorzystywany do finansowania wypraw zamorskich, a jego członkowie brali udział w wielkich odkryciach geograficznych oraz przyczynili się do budowy portugalskiego imperium kolonialnego. Do zakonu należeli m.in. książę Henryk Żeglarz oraz przyszły król Portugalii Jan II. Na początku XVI w. zakon miał 454 komandorii w Portugalii, Afryce i Indiach.
W 1492 papież Aleksander VI zwolnił Zakon Chrystusa ze ślubów religijnych, co potwierdził papież Juliusz II. W ten sposób zakon został włączony do korony portugalskiej i stał się „orderem”. Jedynie kapelani zakonni prowadzili życie klasztorne w Tomar aż do 1834.
W 1551 papież Juliusz III nadał dziedzicznie tytuł wielkiego mistrza królom Portugalii. Jednakże, choć Stolica Apostolska scedowała zarząd zakonu na królów Portugalii, to nadal była (i jest) Suwerenem zakonu i po dziś dzień jest to także najwyższy w hierarchii pontyfikalny zakon rycerski i order papieski: Militia Domini Nostri Jesu Christi (Najwyższy Order Chrystusa). W ten sposób powstały dwie niezależne od siebie obediencje Zakonu Chrystusa.