W maju 1828, gdy Ignacy (Siemionow) został biskupem ołonieckim, hierodiakon Warłaam wyjechał razem z nim do siedziby biskupów tejże eparchii w Pietrozawodsku i wszedł w skład konsystorza administratury. 1 lipca 1829 przyjął święcenia kapłańskie, zaś we wrześniu rozpoczął pracę w charakterze inspektora i wykładowcy miejscowego seminarium duchownego. Z powodu „zawiści i złej woli”, jaką wywoływała jego przyjaźń z biskupem Ignacym w 1833 musiał wyjechać do Wiatki, gdzie został inspektorem i nauczycielem filozofii w seminarium duchownym. W marcu 1834 mianowano go przełożonym monasteru Podwyższenia Krzyża Pańskiego w Wierchoczepiecku, w lipcu został archimandrytą, zaś w 1835 wszedł w skład konsystorza eparchii wiackiej i słobodzkiej. W roku następnym Święty Synod przeniósł go na stanowisko inspektora seminarium duchownego w Astrachaniu, jednak z nieznanych powodów duchowny nigdy tam nie wyjechał.