U niektórych pacjentów objawy mięśniowo-szkieletowe mogą jednak zwiastować bardziej poważne stany chorobowe, wymagające dalszej oceny i dodatkowych badań laboratoryjnych w celu rozpoznania natury procesu patologicznego.
Wstępnym celem postępowania lekarza jest przeprowadzenie diagnostyki służącej rozpoznaniu przyczyny zmian i wdrożeniu właściwego leczenia przy jednoczesnym ograniczeniu nadmiernej liczby badań diagnostycznych. Do stanów nagłych – wymagających szybkiej diagnozy – należą: septyczne zapalenie stawów, ostre indukowane przez kryształy zapalenie stawów (np. dna moczanowa), złamania. Postawieniu właściwej diagnozy służy wywiad z pacjentem, badanie fizykalne oraz – gdy istnieją wskazania – badania laboratoryjne. Wiele schorzeń mięśniowo-szkieletowych początkowo przypomina inne choroby, stąd właściwe rozpoznanie wymaga czasu, w którym zmiany ulegną ewolucji do stanu, w którym będą łatwiejsze do zdefiniowania.