Grzegorza, który dobudowała najprawdopodobniej rodzina Skuratowów, być może Maluta Skuratow, który chciał w ten sposób uczcić swojego świętego patrona, lub też jego potomkowie, aby modlić się za jego duszę. W XVII w. cerkiew była grobowcem rodowym Skuratowów. Według legendy w cerkwi św. Antypasa odbył się jeden ze ślubów Iwana Groźnego. W świątyni wielokrotnie służyli patriarchowie moskiewscy i całej Rusi, na nabożeństwa przybywali carowie i przedstawiciele szlachty. Popularność świątyni wynikała z faktu, iż jej patronem był święty, któremu przypisywano uzdrowienia chorób zębów. W XVII w. do cerkwi dobudowano drugi ołtarz boczny św. Mikołaja, w latach 1739–1741 przebudowany z uwagi na zły stan techniczny, z inicjatywy księcia Siergieja Golicyna. W 1798 od północy dostawiono kolejny ołtarz boczny Narodzenia św. Jana Chrzciciela z dodatkowym przedsionkiem i osobną dzwonnicą.