Z powodu braku funduszy na odbudowę spalonej posiadłości, sprzedał następnie Chowrino Stołypinom, którzy początkowo nie przejawiali większego zainteresowania cerkwią. Dopiero po jakimś czasie postanowili ją odremontować, co pozwoliło przywrócić budynek do użytku liturgicznego.
Cerkiew z XIX w. W 1859 Chowrino zakupił fabrykat Jewgraf Mołczanow, który postanowił rozebrać starszą świątynię i zaprosić architekta Michaiła Bykowskiego do budowy nowej (ten sam architekt przebudował, z funduszy Mołczanowa, cerkiew Trójcy Świętej w rejonie Basmannym Moskwy). W 1868 miała miejsce ceremonia położenia kamienia węgielnego. Fundator nie dożył końca prac budowlanych, które po jego śmierci kontynuowała żona Jelizawieta. Cerkiew wyświęcono w 1870, zaś w 1874 otwarto dla kultu także dolną świątynię.
Jedyna Święta Liturgia z udziałem biskupa przed 1917 miała miejsce w cerkwi w 1900, gdy do Chowrina przybył biskup Parteniusz (Lewicki). W kolejnych latach na prośbę Jelizawiety Mołczanowej do świątyni dobudowano ołtarz św. Eugrafa, patrona jej zmarłego męża.