Powodzenie oblężenia Louisbourga, w czym Shirley odegrał główną rolę jako organizator, było największym sukcesem jego administracji.

Po wojnie Shirley wdał się w spory związane z pokryciem kosztów kampanii, w związku z czym w roku 1749 udał się do Anglii by rozwiązać kwestie polityczne jakie narosły przy okazji tych sporów. W Londynie został mianowany członkiem komisji brytyjsko-francuskiej, która miała wyznaczyć granice między koloniami obu państw w Ameryce Północnej, ale jego twarde, nieustępliwe stanowisko w negocjacjach przyczyniło się do ich zerwania, a jego samego zmusiło w roku 1753 do powrotu do Massachusetts.

Gdy w roku 1754 wybuchła kolejna wojna z Francuzami sprawy wojskowe zaprzątnęły ponownie uwagę Shirleya. W roku 1755 poprowadził ekspedycję dla wzmocnienia załogi i rozbudowy Fortu Oswego nad jeziorem Ontarion, a po śmierci generała Edwarda Braddocka otrzymał stopień generała-majora i został głównodowodzącym sił brytyjskich w Ameryce.