Po powstaniu listopadowym we wrześniu 1832 roku władze carskie przeniosły reformatów do Różanegostoku, skonfiskowały beneficjum i zlikwidowały tym samym klasztor. W 1902 roku budynek klasztoru został przejęty przez prawosławnych, którzy po czterech latach w 1906 roku zwrócili katolikom pomieszczenia klasztorne na pierwszej i drugiej kondygnacji. W 1912 roku prawosławni rozebrali trzy skrzydła klasztoru, a cegłę przekazali na wybudowanie cerkwi w Andryjankach. W dniu 30 lipca 1944 roku, żołnierze zniszczyli dach i wiele sprzętów liturgicznych. Po zakończeniu II wojny światowej budowla była restaurowana dzięki staraniom księdza kanonika Jana Warpechowskiego, ówczesnego proboszcza w Boćkach. W latach 1982–1984 wykonano remont więźby dachowej i wymieniono pokrycie dachowe.
Sanktuarium Mając na uwadze kilkusetletni kult świętego Antoniego Padewskiego biskup drohiczyński Antoni Dydycz w dniu 17 stycznia 2000 roku podniósł kościół do godności Sanktuarium świętego Antoniego Padewskiego.
W świątyni od dawna szczególną czcią otaczany jest wizerunek świętego Antoniego. Na dużych rozmiarów obrazie, ujętym w pozłacane ramy, przedstawiono świętego w habicie zakonnym, klęczącego przy klęczniku, na którym widoczna jest biała szata oraz lilia – symbol jego czystości.