Do idei powołania muzeum powrócono po zakończeniu działań wojennych. W 1959 roku, uchwałą Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w Inowrocławiu utworzono Muzeum Miejskie im. Jana Kasprowicza. Jego pierwszą siedzibą były sale Teatru Miejskiego przy Pl. Klasztornym 2. Otwarcie ekspozycji miało miejsc 22 lipca 1959 roku. W 1966 roku placówkę przemianowano na Muzeum im. Jana Kasprowicza. W latach 1969–1972 działalność muzeum została zawieszona ze względu na remont budynku. Po wznowieniu działalności, w latach 1976–1980 placówka działała jako oddział Muzeum Okręgowego w Bydgoszczy.
thumb|left|Dom Rodziny Jana Kasprowicza W 1976 roku doprowadzono do wykupu z rąk prywatnych Domu Rodziny Jana Kasprowicza w Szymborzu przy ul. Wielkopolskiej 11, który stał się oddziałem muzeum. Natomiast w 1986 roku odkupiono od Zofii Skomorowskiej dawny pałac mieszczański z 1896 roku, położony przy ul. Solankowej 33. Obiekt ten, stanowiący własność muzeum od 1992 roku, stał się nową siedzibą główną muzeum.