W latach 1945–1949 kierował katedrą historii powszechnej Uniwersytetu Łódzkiego. W 1948 był ciężko chory na serce i w związku z tym przeznaczony do zwolnienia z pracy, w jego obronie interweniowała Gąsiorowska jako kierowniczka Instytutu Historycznego UŁ.
Pochowany na cmentarzu rzymskokatolickim Doły przy ul. Smutnej w Łodzi.
Dzieło Do jego najważniejszych prac należy trzytomowe wydanie akt insurekcji kościuszkowskiej wspólnie z Szymonem Askenazym (jedyny zrealizowany element wielkiego programu edytorskiego Askenazego) na podstawie kopii z Archiwum Ministerstwa Sprawiedliwości w Moskwie, a także dwie monografie rosjoznawcze. Był także autorem krótkiej, apologetycznej, pierwszej w niepodległej Polsce biografii Józefa Piłsudskiego.
Pozostawił w rękopisie niedokończoną pracę nad Konstytucją 3 maja we francuskiej opinii publicznej.
Materiały archiwalne Włodzimierza Dzwonkowskiego znajdują się w PAN Archiwum w Warszawie pod sygnaturą III-7Spis inwentarzy, Polska Akademia Nauk Archiwum w Warszawie, [dostęp 2023-12-06]..
Poglądy Według Andrzeja Stępnika jako autor związany z tradycją rewolucyjną reprezentował obok Hipolita Grynwasera stanowisko krytyczne wobec dziedzictwa politycznego unii lubelskiej.