Okres II wojny światowej 25 sierpnia 1939 roku otrzymał przydział do 7 pułku artylerii ciężkiej w Poznaniu. Walczył podczas kampanii wrześniowej 1939 w Armii „Poznań”, brał udział w bitwie nad Bzurą. 20 września, w ostatniej fazie bitwy, trafił do niewoli we wsi Pieczyska k. Wyszogrodu. Kolejno przebywał w niemieckich obozach jenieckich: Stablack (Stabławki), Riesenburg (Prabuty), w Lienzu nad Drawą w Austrii a w końcu w Oflagu II C Woldenberg (Dobiegniew).
28 czerwca 1940 roku kpt. Jan Mickunas z por. Jerzym Fularskim zdołali zbiec z obozu. Była to pierwsza udana ucieczka z Oflagu w Woldenbergu„Trudne decyzje” – „Nowa Szkoła” 1959, nr 7-8„Uciekali by walczyć” – „Stolica” nr 33 z 19 sierpnia 1962 r. str. 15Jerzy Fularski „Według gwiazd na wschód”. Wydawnictwo: Międzychód 2009.
Po miesiącu Jan Mickunas dotarł do Warszawy, zdobył fałszywe papiery i nawiązał kontakty konspiracyjne z Armią Krajową, przybierając pseudonim „Zaporożec”. Przebywał w rejonie Puław, w majątku Osiny, gdzie pod fałszywym nazwiskiem: Henryk Roźniewski pracował jako robotnik rolny i znając język niemiecki, został tłumaczem w gminie Żyrzyn. Pełnił funkcję komendanta Rejonu AK w Żyrzynie Obwodu Puławy. Następnie administrował majątkami Jawidz (pow. Lubartów) i Snopków (pow.