7 lipca 1993 ok. 3:00 nad ranem wracająca do domu z baru „Comet Tavern” (dzielnica Capitol Hill w Seattle) Mia Zapata została brutalnie pobita, zgwałcona i uduszona. Jej ciało odnaleziono w Central District o 3:30 (ok. 2 km od „Comet Tavern”).
W następstwie tego tragicznego wydarzenia grupa jej przyjaciół (m.in. Valerie Agnew z 7 Year Bitch) utworzyła organizację non-profit „Home Alive”, która prowadziła kursy samoobrony dla kobiet (zakończyła działalność w 2010). W sierpniu zorganizowano koncert z udziałem Nirvany i TAD, z którego dochód został przeznaczony na opłacenie prywatnego detektywa, który odnalazłby mordercę.
Zapata została pochowana na cmentarzu „Cave Hill” w jej rodzinnym Louisville.
W 1994 zespół 7 Year Bitch złożył hołd zmarłej artystce albumem ¡Viva Zapata!.
Dzięki pobranym i zachowanym próbkom DNA mordercy z ciała Mii Zapaty, udało się zatrzymać go w 2003. Okazał się nim Jesus Mezquia, który 25 marca 2004 został skazany za ten czyn na 36 lat więzienia.