W 1344 roku klasztor został poświęcony. Był uważany za pokutę sioguna Takaujiego, za krzywdy jakie wyrządził cesarzowi Go-Daigo. W czasie ceremonii poświęcenia modlono się na wszystkich zmarłych po obu stronach konfliktu.
W 1343 roku Musō zaprojektował ogród klasztorny. W 1345 roku ukończono budowę budynku Dharmy (jap. hattō), więc kompleks klasztorny mógł być uważany za zakończony i Musō zrezygnował ze stanowiska opata, przekazując je w ręce swojego ucznia – Mukyoku Shigena (1282–1359).
W kwietniu 1351 roku rozpoczęto budowę budynku mnichów, podstawowego budynku w klasztorach zen, który został poświęcony 20 lipca tego samego roku.
Na liście systemu gozan z 1341 roku świątynia zajmowała drugą pozycję w Kioto, po Nanzen-ji. Na ostatniej liście pochodzącej z 1386 roku w okresie panowania sioguna Yoshimitsu Ashikagi (1358–1408) zajmowała pozycję pierwszą, przy czym „pierwszym świątynią zen w kraju” była Nanzen-jiHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 151..
Pod koniec swojego życia mistrz zen Ryūzan Tokken (1284–1358) został opatem Tenryū-ji (a był także opatem Kennin-ji oraz Nanzen-ji).
Świątynia była trapiona przez pożary w latach: 1358, 1367, 1373, 1380, 1447 i 1467. W czasie wojny ery Ōnin (1467–1477) ponownie uległa zniszczeniu.