Początki działalności inkwizycyjnej na Malcie wiążą się z osobą Domingo Cubellesa, biskupa maltańskiego w latach 1540–1566. W 1545, działając w ramach swych tradycyjnych prerogatyw jako biskupa diecezjalnego, wszczął śledztwo przeciwko francuskiemu duchownemu Franciszkowi Gesualdo i jego zwolennikom, zakończone rok później straceniem Francuza i wymierzeniem łagodniejszych kar jego zwolennikom. W reakcji na to wydarzenie wielki mistrz zakonu joannitów powołał wewnąrzzakonną komisję ds. pilnowania ortodoksji rycerzy zakonnych (1553). Członkowie zakonu nie podlegali bowiem jurysdykcji biskupa. W międzyczasie jednak sytuacja na Malcie zwróciła uwagę Kongregacji Świętego Oficjum. W 1558 na Maltę przybył komisarz Kongregacji, dominikanin Angelo Zampa da Cremona (późniejszy inkwizytor Mediolanu), który po kilkumiesięcznym pobycie sporządził dla Kongregacji raport wskazujący na konieczność utworzenia na wyspie trybunału inkwizycyjnego.
21 listopada 1561 papież Pius IV ustanowił na Malcie trybunał inkwizycji, a jego przewodniczącym mianował biskupa Cubellesa. Brewe papieskie zostało ogłoszone na Malcie w czerwcu 1562.