Od 1924 do 1928 zasiadał w zarządzie, a od 1935 przez trzy lata jako przewodniczący wydziału przyrodniczego. Podczas wojny polsko-bolszewickiej był komendantem wojskowym w Szpitalu Dzieciątka Jezus w Warszawie. W 1921 uzyskał tytuł profesora zwyczajnego, w 1927 objął na roczną kadencję funkcję dziekana Wydziału Lekarskiego UW. W 1930 został przyjęty do Polskiej Akademii Umiejętności jako członek korespondencyjny, a dwa lata później członek czynny. Należał również do francuskiego Association des Anatomistes, w 1931 był gospodarzem warszawskiego zjazdu tej organizacji. Mieczysław Konopacki był głównym organizatorem Wojskowego Studium Lekarskiego w Warszawie oraz w 1923 Polskiego Towarzystwa Anatomiczno-Zoologicznego. W roku akademickim 1937/1938 ponownie został dziekanem Wydziału Lekarskiego. Po wybuchu II wojny światowej pracował w warszawskim szpitalu im. marsz. Józefa Piłsudskiego. thumb|240px|Grób Mieczysława i Bronisławy Konopackich na wojskowych Powązkach Zginął rankiem 25 września 1939, idąc ulicą. Został trafiony odłamkiem pociskuInformacje o jego życiu, działalności i przodkach podaje Ewa Konopacka, Kronika rodu Konopackich, Drukarnia Wyd. „Bernardinum” w Pelplinie, 1994. , s. 72–74, 78.. Spoczywa na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kw.