Został on wywieziony w 1915 przez wycofujących się z Pruszkowa Rosjan.
Na miejsce Edwarda Detkensa został powołany ksiądz Witold Rostkowski, który w maju 1912 roku rozpoczął drugi etap budowy kościoła: jego mury zostały wzniesione pod dach, który został częściowo pokryty dachówką.
W dniu 9 czerwca 1913 roku została erygowana parafia św. Kazimierza w Pruszkowie przez arcybiskupa warszawskiego, księdza Aleksandra Kakowskiego. Jej pierwszym proboszczem został mianowany ksiądz Wincenty Burakowski. Nie kontynuował on prac budowlanych, ponieważ uniemożliwił je wybuch I wojny światowej. W październiku 1914 roku nieukończona świątynia została uszkodzona przez pociski artyleryjskie. W 1916 roku nowym proboszczem parafii został mianowany ksiądz Jan Kęsicki. W związku z tym, że trwały nadal działania wojenne, nie prowadził żadnych prac budowlanych, tylko zabezpieczył świątynię przed dewastacją. Dopiero w 1919 roku ksiądz proboszcz Edward Tyszka przystąpił do kontynuowania przerwanej budowy. Został reaktywowany Komitet Budowy Kościoła, którego przewodniczącym został Józef Bielawski. Rozpoczął on swoją działalność od zbierania środków finansowych na dokończenie budowy świątyni. Dzięki zebranym środkom finansowym, latem 1922 roku rozpoczęto dalszą budowę kościoła.