Pacjentom, u których zabieg nie był możliwy, wystawiał sfałszowane zaświadczenia o wykonaniu obrzezania z przyczyn medycznych, podpisując je nazwiskiem swojego dawnego, zmarłego już wykładowcy. Kolejne operacje przeprowadzał również w następnych latach, także po likwidacji getta. Zajmował się także innymi zabiegami, które miały pomóc w ukryciu żydowskiego pochodzenia, tj. operacjami plastycznymi ukrywającymi semickie cechy wyglądu, m.in. skracania nosa. W wielu zabiegach asystowała mu żona, która dopiero w okresie okupacji nabyła niezbędne umiejętności anestezjologiczne.
Zaangażowany w działalność konspiracyjną, w Armii Krajowej posługiwał się pseudonimami Katgut i Feliks. Podczas powstania warszawskiego Kanabus pracował w szpitalu w klasztorze zmartwychwstanek, następnie był ewakuowany na ul. Mickiewicza, a potem na ul. Krechowiecką. Ranny 23 sierpnia 1944 roku. Po upadku powstania rodzina trafiła do Bukowiny Tatrzańskiej, a następnie do Krakowa, po czym w połowie 1946 roku wróciła do Warszawy.