Straż Graniczna: 16 maja 1991 roku ochronę granicy państwowej przejęła nowo sformowana Straż Graniczna. Strażnica w Hrubieszowie została włączona w struktury Nadbużańskiego Oddziału Straży Granicznej w Chełmie i przyjęła nazwę Strażnica Straży Granicznej w Hrubieszowie (Strażnica SG w Hrubieszowie)Zarządzenie nr 019/Org. Komendanta Głównego Straży Granicznej z 30 kwietnia 1991 roku : Archiwum Straży Granicznej w Szczecinie, sygn. KGSG 666/2, s. 104–105 (.).

W 2000 roku rozpoczęła się reorganizacja struktur Straży Granicznej związana z przygotowaniem Polski do wstąpienia, do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen. Podczas restrukturyzacji wprowadzono kompleksową ochronę granicy już na najniższym szczeblu organizacyjnym tj. strażnica i graniczna placówka kontrolna. Wprowadzona całościowa ochrona granicy zniosła podział na graniczne jednostki organizacyjne ochraniające tylko tzw. „zieloną granicę” i prowadzące tylko kontrole ruchu granicznego.