W 1941, po wybuchu wojny na Bałkanach pełnił funkcję ambasadora Rzeszy w Rumunii, a następnie specjalnego wysłannika niemieckiego ministerstwa spraw zagranicznych w Grecji. Jako niemiecki przedstawiciel w Grecji i Albanii podjął próby współpracy z lokalnymi elitami politycznymi. W 1943 został skierowany do Serbii, aby doprowadzić do współpracy gen. Milana Nedicia i czetników Draży Mihailovicia, przeciwko partyzantom TityMarko A. Hoare, Bosnian Muslims in the Second World War, Oxford University Press 2014, s.110. Po kapitulacji wojsk włoskich w Albanii, 11 września 1943 przyleciał do Tirany, gdzie na polecenie Joachima von Ribbentropa proklamował niepodległość Albanii, pod patronatem NiemiecOwen Pearson, Albania in the Twentieth Century, A History: vol. II, I.B. Tauris 2006, s.273.
Plan Neubachera W 1943 Neubacher przedstawił Ribbentropowi plan, który miał usprawnić niemiecki system okupacyjny na Bałkanach. Zakładał on połączenie Serbii z Czarnogórą, ustanowienie gen. Milana Nedicia prezydentem Wielkiej Serbii, otwarcie uniwersytetu w Belgradzie i zmniejszenie niemieckiej obecności wojskowej w Serbii do oddziałów żandarmerii. Planu nie zrealizowano.