Dochodzenie to, zasadniczo prowadzone w Rzymie, objęło także Modenę, gdzie w latach 1552–1553 przebywało dwóch komisarzy Kongregacji, biskup Casale Monferrato Francesco da Michalis oraz dominikanin Girolamo Papini da Lodi, inkwizytor Ferrary.
Pierwsza samodzielność (1550–1563) W międzyczasie inkwizycja w Modenie uzyskała na kilkanaście lat autonomię. Prawdopodobnie w wyniku sporów o obsadę trybunału w Ferrarze między dworem książęcym a władzami zakonu dominikanów w latach 1547–1548, rozstrzygniętego w 1548 przez papieża Pawła III na korzyść kandydata książęcego, w 1550 doszło do ustanowienia odrębnego trybunału dla diecezji Modeny, na czele którego stanął Paolo Stanesi della Mirandola, który był kandydatem władz zakonnych. Sprawował on urząd inkwizytora Modeny do 1552. Jego następcami byli Angelo Valentini OP (1552–1558) i Domenico da Imola OP (1558–1563).
Wikariat trybunału w Ferrarze (1563–1598) W 1563 papież Pius IV zniósł autonomię Modeny i przywrócił nad nią jurysdykcję inkwizytorów Ferrary, a rok później przyznał inkwizytorom Ferrary władzę nad całym terytorium księstwa Este, w tym nad Modeną, Reggio i Comacchio. Modena znów stała się wikariatem trybunału w Ferrarze.