Jagiellonia Białystok w sezonie 2006/2007 przystąpiła do rozgrywek piłkarskiej II Ligi oraz Pucharu Polski (od II rundy). Klub rozgrywa swoje mecze na Stadionie Miejskim, o pojemności około 15000 miejsc.
II poziom rozgrywkowy Awans do 1 ligi po 14 latach nieobecności w najwyższej klasie rozgrywkowej był uwieńczeniem ciężkiej pracy trenera Artura Płatka, zawodników oraz działaczy, w tym właściciela klubu Wojciecha Strzałkowskiego.
W Pucharze Polski białostoczanie dotarli do 1/8 finału, eliminując w II rundzie zespół Czarnych Pruszcz Gdański, w 1/16 wolny los, ulegając w 1/8 Polonii Warszawa.
Końcowa Tabela II ligi Drużyna Bramki Uwagi1 Ruch Chorzów 34 21 6 7 4926+23 69 Awans do I ligi2 Jagiellonia Białystok 34 18 9 7 4928+21 633 Polonia Bytom (-3pkt.)Polonia Bytom została ukarana trzema punktami ujemnymi za zaległości finansowe.