Ewakuował się z rodziną na wschód, ale wobec braku możliwości przedostania się przez granicę postanowili wyruszyć na zachód. Początkowo zatrzymali się we Wrocławiu, a następnie przenieśli się do Wolsztyna. Tam do Józefa Kopicza dotarła informacja, że nowy zarząd szpitala w Kocborowie wzywa pracowników do stawienia się do 15 października w pracy. Mimo protestów rodziny wyruszył w podróż, we wskazanym dniu znalazł się w Starogardzie Gdańskim, gdzie na dworcu napotkany urzędnik uprzedził go, że w szpitalu oczekuje na niego SS. Będąc przekonany, że nie ma powodu do obaw zgłosił się w szpitalu u SS-Obersturmführera Karla Braunschweiga. Ostatni raz był widziany 17 października 1939, gdy eskorta SS prowadziła go razem z inspektorem szpitalnym Franciszkiem Dunajskim i pielęgniarzem Józefem Trochą w kierunku Starogardu Gdańskiego. Ponieważ Józef Kopicz nie dawał znaku życia, więc do Starogardu przyjechała jego żona Halina, ale nie uzyskała żadnych informacji. Wiedziona przeczuciem zgłosiła się do miejscowego zakładu karnego, gdzie kancelista Marcin Żychski w tajemnicy powiedział, że w tamtejszym depozycie znajduje się obrączka ślubna i zegarek Józefa Kopicza.