1 stycznia 1929 otrzymał awans do stopnia komandora porucznika, a 27 czerwca 1935 awansował na stopień komandora ze starszeństwem z dniem 1 stycznia 1935.
Od 1941 do 1942 prowadził rekrutację ochotników do PMW jako szef Morskiej Misji Werbunkowej w Kanadziehttps://m.trojmiasto.pl/news/Nieudana-misja-za-Atlantyk-n58923.html Nieudana misja za Atlantyk. Od stycznia 1944 komendant Komendy Morskiej „Południe”. Po zakończeniu działań wojennych w Europie i rozwiązaniu polskiej MW odszedł z czynnej służby 2 października 1947 i wyemigrował do Kanady. Początkowo prowadził niewielką farmę w Keswick, a następnie przeniósł się do Toronto, gdzie pracował w biurze prawniczym.
W lutym 1965 Naczelny Wódz, generał broni Władysław Anders mianował go kontradmirałem, lecz komandor Zajączkowski odmówił przyjęcia tego awansu.
Zmarł 19 grudnia 1977 w Toronto. Został pochowany na cmentarzu w Mount Pleasant.
Od 27 czerwca 1917 był żonaty z Estonką Johanną (Anną) Kolts, z którą miał dwie córki: Janinę (ur. 1918) i Helenę (ur. 1921).