7 października 1969 wraz z końcem kontraktu Flood został oddany w ramach wymiany do Philadelphia Phillies, jednak odmówił przejścia do tego klubu ze względu na rasizm panujący wśród jego kibiców oraz niski poziom zespołu. Obowiązująca wówczas w MLB tzw. reserve clause uniemożliwiała zawodnikom opuszczenie klubu bez jego zgody wraz z wygaśnięciem kontraktu. Flood napisał list do komisarza ligi Bowiego Kuhna z prośbą o uczynienie go wolnym agentem, którą Kuhn odrzucił. Flood zdecydował się zakończyć karierę, jednak w styczniu 1970 postanowił skierować sprawę do Sądu Najwyższego. Na procesie Flood uzyskał poparcie od byłych baseballistów, między innymi od Jackiego Robinsona i Hanka Greenberga, jednak aktywni zawodnicy obawiając się o swoją przyszłość nie uczestniczyli w procesie. Ostatecznie Flood sprawę przegrał, jednak pięć lat później, w grudniu 1975, z inicjatywy dwóch miotaczy Andy'ego Messersmitha i Dave'a McNally'ego, którzy skierowali sprawę do arbitrażu, reserve clause zniesiono, a zawodnicy, którym skończył się kontrakt, stawali się wolnymi agentami.
W sezonie 1971 Flood rozegrał 13 meczów w Washington Senators, w którym zakończył karierę.