Po wybuchu powstania warszawskiego organizował w Bibliotece Krasińskich i brał udział w zabezpieczaniu najcenniejszych zbiorów BN. W 1946 zdał państwowy egzamin bibliotekarski I stopnia i uzyskał formalne kwalifikacje bibliotekarskie. W latach 1945–1981 był kustoszem i od 1 kwietnia 1957 do 1981 kierownikiem Oddziału Rękopisów Biblioteki Jagiellońskiej. W 1981 przeszedł na emeryturę. Jeden z twórców metody naukowego opracowywania rękopisów średniowiecznych, wydawca licznych tekstów źródłowych: łacińskich i staropolskich. Od 5 lutego 1980 członek korespondent Medieval Academy of America w Cambridge, Mass. Profesor nadzwyczajny Uniwersytetu Jagiellońskiego od 1983. Odznaczony był Medalem Komisji Edukacji Narodowej i Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski20 rocznica śmierci Jerzego Zatheya.
Zmarł w Mszanie k. Tylawy, w powiecie dukielskim. Pochowany 6 maja 1999 na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera U-zachód-po lewej Przybylskich). thumb|240px|Grób prof. Jerzego Zatheya na cmentarzu Rakowickim Był mężem Zofii z Gryglewskich (1911–1982), z którą mieli syna Jacka (1942–2016) i córkę Beatę.