Podobnie jak Brazylijscy zielonoświątkowcy, również baptyści w tym kraju nie tworzą jednego kościoła, lecz podzieleni są na kilka denominacji. Jednak największe i najważniejsze są trzy unie należące do Światowego Związku Baptystycznego. Są to: Brazylijska Konwencja Baptystyczna - Największa i najstarsza unia w Brazylii. Zbory do niej należące reprezentują główny nurt dzisiejszego baptyzmu, tzw. Baptyści generalni. Narodowa Konwencja Baptystyczna - Druga co do wielkości unia baptystyczna w Brazylii. Należą do niej zbory charyzmatyczne tzw. baptykostalne. Jest to najszybciej rozwijająca się denominacja baptystyczna w kraju. Konwencja Niezależnych Baptystów - Zbliżona do Brazylijskiej Konwencji Baptystycznej, wywodzi się z tradycji skandynawskiej.
Ponadto w kraju istnieją również wspólnoty reformowanych baptystów, którzy wyznają kalwińską naukę o predestynacji, i są najbliżej związane z pierwotnym, XVII i XVIII wiecznym baptyzmem. A także Baptyści dnia siódmego, którzy przyjmują sobotę jako dzień święty. Poza tym działalność prowadzą również liczne niezależne zbory i denominacje o charakterze fundamentalnym i charyzmatycznym.