Zarazem Sanders powoli rozwijał swą karierę solową – w 1965 odbyła się premiera jego debiutanckiego longplaya Pharaoh (po latach wznawianego jako Pharoah’s First), na który trafił materiał nagrany we wrześniu roku poprzedniego, później ukazał się zarejestrowany w 1966 Tauhid.
Po śmierci Coltrane’a w 1967 roku (23 kwietnia Sanders grał z nim w Nowym Jorku podczas jego ostatniego występu, ogłoszonego po latach na płycie The Olatunji Concert: The Last Live Recording), nagrywał z wdową po saksofoniście, pianistką i harfistką Alice Coltrane, co zaowocowało takimi nagraniami, jak A Monastic Trio, Ptah, the El Daoud i Journey in Satchidananda. W 1968 nawiązał współpracę z Jazz Composer’s Orchestra, którą kierowali Carla Bley i Michael Mantler. Przede wszystkim jednak skupił się na prowadzeniu swoich ansambli i ogłaszaniu pod szyldem wytwórni Impulse! albumów sygnowanych własnym nazwiskiem, z których prawdopodobnie najbardziej znanym stała się powstała w lutym 1969 roku Karma, płyta, na której znalazły się dwa utwory, w tym długa, w sumie trwająca ponad pół godziny kompozycja The Creator Has a Master Plan.