W Rzeczypospolitej thumb|left|Plan Dyneburga z 1655 roku W 1559 r. zamek został oddany w zastaw królowi polskiemu Zygmuntowi Augustowi. Po sekularyzacji zakonu Dyneburg w latach 1559–1772 znajdował się w granicach Rzeczypospolitej Obojga Narodów, jako stolica Inflant Polskich. Najpierw był stolicą powiatu dyneburskiego. W 1577 r. stary krzyżacki zamek Dyneburg został zdobyty przez wojska moskiewskie Iwana Groźnego, który wkrótce wybudował bastionowy szaniec około 19 km w dół rzeki Dźwiny.
thumb|Dyneburg w 1912 r. Pośrodku ewangelicka katedra Marcina Lutra, w tle katolicki kościół Niepokalanego Poczęcia NMP. Zdjęcie Siergieja Prokudina-Gorskiego. Po odzyskaniu Inflant przez Polskę w pobliżu moskiewskiego szańca król Stefan Batory lokował nowe miasto Dyneburg, któremu 26 marca 1582 roku nadał prawo magdeburskieB. Breżgo: Przywilej miasta Dyneburga z roku 1582, Dyneburg 1932. oraz wybudował nową twierdzę. W 1629 r. wojewoda smoleński Aleksander Korwin Gosiewski ufundował w mieście kolegium jezuitówWojciech Boberski: Architektura kościoła i kolegium jezuitów w Witebsku, «Roczniki Humanistyczne», t. L, zesz. 4, 2002., będące pierwszą szkołą w regionie. Obok kolegium powstał kościół. W 1652 r.