Końcowym etapem produkcji jest etap dojrzewania. W jego trakcie grzyby i bakterie m.in. rozkładają laktozę do kwasu mlekowego, rozkładają białka i hydrolizują tłuszcze – efektem tego procesu jest charakterystyczny smak i zapach każdego z gatunków sera. W badaniu 137 serów z 10 krajów stwierdzono przeciętnie w serze bakterie z 6,5 rodzajów i grzyby z 3,2, łącznie 14 rodzajów bakterii i 10 rodzajów grzybów stanowiących co najmniej 1% populacji. 60% bakterii i 25% grzybów nie było dodane w kulturze startowej przez wytwórcę. Kilka rodzajów bakterii to bakterie morskie. Nie stwierdzono korelacji między rejonem pochodzenia sera a rodzajami mikrobów. Decydującym okazały się warunki dojrzewaniaIf you build it, they will come: designing microbial ecosystems in cheese | Oscillator, Scientific American Blog Network.
Sery kwasowe otrzymuje się poprzez zakwaszenie mleka kulturami bakteryjnymi lub kwasami (np. octowym lub cytrynowym), w efekcie powstanie skrzep i serwatka. Następnie skrzep jest krojony, dogrzewany, płukany, odsączany, prasowany i formowany. Większości serów kwasowych nie poddaje się procesowi dojrzewania.
Sery kwasowo-podpuszczkowe powstają poprzez dodanie do mleka kultur bakteryjnych i podpuszczki.