20 lutego 2009 roku został zaproszony do sztabu szkoleniowego Arsenału CharkówВ «Арсенале» новый тренер — Футбольный клуб Арсенал Харьков. 13 kwietnia tego samego roku objął stanowisko głównego trenera tego zespołu. Po zakończeniu sezonu 2008/09 opuścił charkowski klub i przeniósł się do Bukowyny Czerniowce. 12 listopada 2009 został odwołany ze stanowiskaНиколай Трубачев оставил «Буковину» » Новости Черновцы: Информационный портал газеты «Молодой буковинец». 2 sierpnia 2010 roku został mianowany trenerem futsalowego MFK Lipieck. Równolegle pracował jako asystent trenera lokalnego Mietałłurga LipieckБывший тренер «Калуги» возглавил клуб премьер-лиги. 14 stycznia 2011 zrezygnował z funkcji głównego trenera MFK Lipieck, po czym został zaproszony do sztabu szkoleniowego FK Kaługa. 19 lipca 2012 został mianowany na głównego trenera Amkaru Perm ze względu na fakt, że aktualny trener Rustem Chuzin nie miał wymaganej licencji trenerskiej kategorii Pro. 17 stycznia 2013 ogłoszono o rozwiązaniu umowy z klubem«Амкар»: расторгли трудовой договор с главным тренером – Футбольный клуб "АМКАР" Пермь – Новости. W lipcu 2014 stał na czele kazachskiego klubu FK MaktaaralНиколай Трубачев возглавил «Махтаарал» – Футбол – Sports.kz.