19 grudnia 1991 Sąd Wojewódzkie w Warszawie zarejestrował Stowarzyszenie Rodzina Katyńska w Warszawie (autorką pierwotnej wersji statutu była Danuta Przystasz, a finalną wersję opracowali mec. Wiktor Łyszczak i B. Łojek). Jako główne cele statutowe działalności stowarzyszenia wskazano: „dążenie do ujawnienia faktów i utrwalenie prawdy o losach polskich jeńców wojennych przetrzymywanych w obozach sowieckich, zamordowanych w Katyniu, Charkowie oraz Twerze i w innych miejscach na terenie ZSRR” oraz „Staranie o pobudowanie cmentarzy wojennych jeńców polskich zamordowanych w Katyniu, Charkowie oraz Twerze”. Od 22 lutego 1992 do 4 lutego 1994 przewodniczącym zarządu był Jędrzej Tucholski, a jego następcą został wcześniejszy zastępca, Włodzimierz Dusiewicz. W wybranym pod koniec listopada 1995 i 1998 zarządzie stowarzyszenia prezesem był wybierany Tadeusz Lutoborski, wiceprezesem pozostawała Bożena Łojek, a członkinią została m.in. Katarzyna Piskorska.
Stowarzyszenie Rodzina Katyńska w Warszawie uzyskało wpis w rejestrze stowarzyszeń w Krajowym Rejestrze Sądowym 29 sierpnia 2003.
Stowarzyszenie zostało jednym z organizatorów Katyńskiego Marszu Cieni.