Joachim został wyświęcony na biskupa przez patriarchę konstantynopolitańskiego Sofroniusza III. W 1864 objął katedrę warneńską. Od 1872 zasiadał w Świętym Synodzie Patriarchatu Konstantynopolitańskiego, zaś w 1874 przywrócony na urząd patriarszy Joachim II mianował go metropolitą Salonik.
4 października 1878 metropolita Joachim został wybrany na patriarchę konstantynopolitańskiego dzięki wsparciu greckiego bankiera Jeorjosa Zarifisa. Po objęciu urzędu Joachim zwołał w Konstantynopolu sobór duchowieństwa i świeckich, który miał ocenić sytuację Kościoła i wypracować konieczne reformy. Dążenie patriarchy do zmian zostało dobrze przyjęte przez świeckich delegatów, nieprzychylnie natomiast odniosła się do niego konserwatywnie nastawiona hierarchia.
Patriarcha wyremontował patriarszą katedrę w Konstantynopolu, zaś w 1880 utworzył bibliotekę i rozpoczął wydawanie oficjalnego pisma Patriarchatu, w 1882 natomiast zakończył budowę Wielkiej Szkoły Ludowej prowadzonej przez Kościół. Utworzył dwie szkoły dla kandydatów do kapłaństwa – na wyspie Chalki oraz w pobliżu Cezarei Kapadockiej (w 1879 i w 1882).