Trzeciego Ordynku – reprezentacji średniego mieszczaństwa gdańskiego, który nie zgodził się na odsunięcie swoich przedstawicieli od dyskusji nad tą sprawą, a także nie chciał zepchnięcia kosztów związanych z utrzymaniem sojuszu na barki szerokich mas ludności. Poważnym problemem był też opór Elbląga, który od dawna był poróżniony z Gdańskiem na tle ekonomicznym. Trudność tę przezwyciężono, obiecując Elblągowi czynne poparcie w sporze miasta z biskupem warmińskim o oddanie katolikom jednego z kościołówRyszard Walczak, Konfederacja Gdańska, Elbląga i Torunia (1615-1623), w: Sprawozdania Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk, nr 1/1956, s. 43-45.. thumb|260px|Wojciech Gerson – Gdańsk w XVII wieku
Akt związkowy podpisano ostatecznie w Gdańsku 6 stycznia 1615. Ustrój konfederacji zbliżony był do rozwiązań zachodnioeuropejskich, zwłaszcza niemieckich (w Polsce brak było tego rodzaju wzorów). Przewidywano, że dla uniknięcia napadów i obcych oblężeń trzy miasta wpłacą do wspólnego skarbca fundusz w wysokości 40.000 guldenów (Gdańsk połowę tej sumy) i corocznie będą go uzupełniać o połowę pierwotnego wkładu przez dziesięć lat. Opiekę nad skarbcem sprawował Gdańsk. Miał on też funkcję kierowniczą w konfederacji. Tutaj też organizowano raz do roku narady w kwestiach obronnych.