GPK Łeba weszła w podporządkowanie Wydziału Kontroli Ruchu Granicznego Komendy Wojewódzkiej Milicji ObywatelskiejZarządzenie Prezesa RM z 24.06.1965 ()., kontrolę graniczną wykonywali funkcjonariusze Milicji Obywatelskiej podlegli MSW.
1 października 1971 WOP został podporządkowany pod względem operacyjnym, a od 1 stycznia 1972 pod względem gospodarczym MSW. Do WOP powrócił cały pion kontroli ruchu granicznego wraz z przejściami. Przywrócono jednolity system ochrony granicy państwowej. GPK Łeba podlegała bezpośrednio pod sztab Kaszubskiej Brygady WOP w Gdańsku.
W 1976, w wyniku zmian organizacyjnych w Wojskach Ochrony Pogranicza, podporządkowano Bałtyckiej Brygadzie WOP w Koszalinie: GPK w Łebie, strażnicę WOP w Łebie i batalion WOP Lębork.
W kwietniu 1990 na bazie Bałtyckiej Brygady WOP utworzono Bałtycki Oddział WOP, w strukturach którego była Graniczna Placówka Kontrolna Łeba.