Zamieszkał w Syzraniu i przez dwa miesiące służył jako biskup pomocniczy eparchii samarskiej.
Nominowany w 1931 do objęcia katedry omskiej, służył w niej przez cztery lata. Nabożeństwa odprawiał w soborze św. Eliasza. W 1933 otrzymał godność arcybiskupa.
Został aresztowany w 1935 pod zarzutami wrogiego stosunku do ustroju komunistycznego oraz skupienia wokół siebie antyradzieckiej grupy duchowieństwa, prowadzącej antypaństwową agitację i szerzącą wieści o rychłej wojnie i klęsce władz radzieckich. Nie przyznał się do winy. Został skazany na pięć lat zsyłki do Kazachstanu; karę odbywał w Mirzojanie. W miejscu zsyłki zgromadził wokół siebie grupę wiernych, wbrew zakazowi odprawiał nabożeństwa. 15 maja 1937 został aresztowany, oskarżony o członkostwo w kontrrewolucyjnej organizacji cerkiewnej, organizowanie nielegalnych wspólnot wiernych i agitację antyradziecką. Jego sprawa została połączona ze sprawą zesłanych do Czymkentu metropolitów Cyryla i Józefa oraz skupionego wokół nich duchowieństwa: biskupa Eugeniusza (Kobranowa), schiarchimandryty Eleuteriusza, ihumeni Ewy, mniszek Eudoksji i Marii, mnichów Hilariona i Jana, biskupa Żywej Cerkwi Michała (Nikołajewa) oraz grupy białych duchownych i wiernych świeckich. Arcybiskupowi Aleksemu zarzucono dodatkowo organizację kontrrewolucyjnej monarchistycznej grupy w Sławgorodzie.