W 1962 roku brał udział w misji w Tell Atrib jako archeolog-epigrafik i w ekspedycji w Palmyrze. W tym samym charakterze pracował na stanowisku Deir el-Bahari w sezonie 1962/63, kiedy trwały badania na górnym dziedzińcu świątyni Hatszepsut oraz wykopaliska na terenie świątyni Totmesa III. W 1968 roku obronił doktorat.
W roku 1966 Stefan Jakobielski został kierownikiem wykopalisk na nubijskim stanowisku archeologicznym w Dongoli, funkcję tę pełnił do 2006 roku. W ramach badań prowadzonych przez polskiego nubiologa odkryty został m.in. Klasztor św. Trójcy (Wielki Klasztor Antoniego). Raporty z wykopalisk Stefan Jakobielski prezentował na łamach „Dongola Studien” oraz rocznika Polish Archaeology in the Mediterranean. Prace Jakobielskiego w Dongoli zostały zwieńczone wystawą w 2006 roku Polskie wykopaliska w Starej Dongoli. 45 lat współpracy archeologicznej z Sudanem w Muzeum Narodowym w Warszawie, której był współkuratorem.