Członkostwo w towarzystwach naukowych Stefan Jakobielski był jednym z inicjatorów założonego w 1972 Międzynarodowego Towarzystwa Nubiologicznego, w okresie 1978–1986 pełnił funkcję członka zarządu. W 1980 został członkiem korespondentem Niemieckiego Instytutu Archeologicznego (niem. Deutsches Archäologisches Institut, DAI). Stefan Jakobielski należał także do International Association of Egyptologists.
Odznaczenia i nagrody W roku 2002 Jakobielski otrzymał najwyższe sudańskie odznaczenie przyznawane cudzoziemcom: Order Dwóch Nilów z Gwiazdą. Został też odznaczony Orderem Odrodzenia Polski. Wraz z Bogdanem Żurawskim otrzymał z rąk dyrektora Sudańskiej Służby Starożytności medal za zasługi w ratowaniu dziedzictwa kulturowego. Obaj zostali także uhonorowani przez władze prowincji Dongola (Medżlis) dyplomami za zasługi w badaniach lokalnego dziedzictwa.
Wybrane publikacje Monografie i publikacje książkowe
Katalog rękopisów orientalnych ze zbiorów polskich, t. 4: Katalog rękopisów egipskich, koptyjskich i etiopskich, dział egipski oprac. T. Andrzejewski; dział koptyjski oprac. S. Jakobielski; dział etiopski oprac. S. Strelcyn;