Po przeobrażeniach w jego rodzimej denominacji kościelnej, był duchownym sformowanego w 1981 Kościoła Prezbiteriańskiego w Ameryce (Presbyterian Church in America).
W 1948 przeprowadził się wraz z rodziną do Szwajcarii, gdzie w miejscowości Huámoz założył w 1955 ośrodek konferencyjno-rekreacyjny L’Abri („Schronisko”), który stał się znanym w skali międzynarodowej centrum spotkań studentów i intelektualistów ewangelikalnych.
Po ogłoszeniu w Polsce 13 grudnia 1981 stanu wojennego działał na rzecz społecznego i politycznego poparcia dla NSZZ „Solidarność” w USA i Europie Zachodniej.
Propagowaniem jego dokonań zajmuje się Francis Schaeffer Foundation, zarejestrowana w USA i Szwajcarii, z siedzibą w szwajcarskim Gryon.
Publikacje Art and the Bible (1973) Back to Freedom and Dignity (1972) Basic Bible Studies (1972) Escape From Reason (1968) Genesis in Space and Time. The Flow of Biblical History (1972) The Great Evangelical Disaster (1984) The God Who Is There (1968) He Is There and He Is Not Silent (1972) Joshua and the Flow of Biblical History (1975) No Final Conflict (1975)