W wyniku likwidacji Studium Nauczycielskiego w Bydgoszczy Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka przeniosła się w grudniu 1992 r. do budynku przy ulicy M. Skłodowskiej-Curie 4. Do nowego pomieszczenia przeniesiono księgozbiór liczący wówczas 103.550 woluminów i 144 tytuły czasopism. W 1997 r. zmieniono w regulaminie Biblioteki zapis, dzięki któremu z księgozbioru korzystać mogą nie tylko nauczyciele i studenci kierunków pedagogicznych, ale również mieszkańcy zameldowani na terenie województwa kujawsko-pomorskiego. 28 listopada 2011 r. podczas sesji Sejmiku Województwa Kujawsko-Pomorskiego w Toruniu została przyjęta uchwała nadania Pedagogicznej Bibliotece Wojewódzkiej w Bydgoszczy imienia Mariana Rejewskiego.
Biblioteka posiadała dziewięć filii na terenie województwa kujawsko-pomorskiego w takich miastach, jak: Inowrocław, Koronowo, Mogilno, Nakło nad Notecią, Sępólno Krajeńskie, Szubin, Świecie, Tuchola i Żnin. Filie w 2016 roku zostały zlikwidowane.
Zbiory Biblioteka gromadzi książki, czasopisma, podręczniki szkolne, zbiory specjalne (m.in. dokumenty audiowizualne) pod kątem potrzeb kształcących i doskonalących się nauczycieli, kadry zarządzającej oświatą oraz studentów kierunków pedagogicznych.