Łącznie w swojej karierze wygrał w grze pojedynczej 11 turniejów rangi ATP World Tour oraz awansował do 14 finałów. W grze podwójnej triumfował w 10 imprezach ATP World Tour oraz uczestniczył w 8 finałach.
W 1999 roku Australia zdobyła Puchar Davisa, po pokonaniu w finale Francji. Rafter nie uczestniczył z powodu kontuzji w tej rundzie, podobnie jak i w półfinale, jednak zagrał w meczach 1 rundy przeciwko Zimbabwe i rundzie ćwierćfinałowej przeciwko Stanom Zjednoczonym. W 2000 roku Australijczycy przegrali finał z Hiszpanią i w 2001 z Francją.
W latach 1999 i 2001 wygrał też z drużyną Australii Drużynowy Puchar Świata.
W 2000 roku zagrał na igrzyskach olimpijskich w Sydney, odpadając z turnieju singlowego w 2 rundzie, po porażce z Danielem Nestorem.
W 2002 roku został laureatem nagrody Australijczyk Roku, a w 2006 został uhonorowany miejscem w Międzynarodowej Tenisowej Galerii Sławy.
Finały w turniejach ATP World Tour
Gra pojedyncza (11–14)
Gra podwójna (10–8)