W lipcu 2012 Rubio podpisał umowę z występującą w najwyższej klasie rozgrywkowej stołeczną drużyną Unión Española, w celu zastąpienia w niej Emanuela Herrery. W jej barwach od razu wywalczył sobie pewne miejsce w wyjściowym składzie, szybko zostając jedną z największych gwiazd ligi chilijskiej. Premierowego gola w pierwszej lidze strzelił 7 lipca 2012 w zremisowanej 3:3 konfrontacji z Audax Italiano, natomiast podczas wiosennych rozgrywek Transición 2013 zanotował z ekipą prowadzoną przez José Luisa Sierrę trzecie w swojej karierze mistrzostwo Chile. W tym samym roku wywalczył również z Uniónem krajowy superpuchar – Supercopa de Chile, zaś w sierpniu 2013 za sumę 1,6 mln dolarów przeszedł do krajowego giganta – stołecznego zespołu Universidad de Chile. W jesiennym sezonie Apertura 2014 zanotował z nim swój 4. tytuł mistrzowski, zaś łącznie w barwach Universidadu spędził półtora roku jako najskuteczniejszy zawodnik ekipy i czołowy strzelec ligi.