Po śmierci Sykstusa IV (12 sierpnia 1484) generał zakonu dominikanów Bartolomeo Commazio podjął próbę odwołania go ze stanowiska i pod koniec 1484 mianował na jego miejsce innego dominikanina Vincenzo Mentiniego. Jednakże protekcja ze strony księcia udaremniła ostatecznie te wysiłki. Mentini w ogóle nie objął urzędu, wobec czego Bartolomeo Commazio mianował jeszcze innego dominikanina Giacomo d'Ognissanti (4 marca 1485), jednak ostatecznie na początku 1486 Rafanelli ponownie objął urząd inkwizytora Ferrary, co cztery lata później definitywnie potwierdził kolejny generał zakonu Gioacchino Torriani. W międzyczasie, w listopadzie 1485, przebywał w Rzymie, gdzie wygłosił kazanie na pogrzebie kardynała Giovanniego d’Aragony, brata księżnej Ferrary Eleonory
W latach 1489–1500 był przeorem konwentu S. Domenico w Ferrarze. Dzięki swym koneksjom z dworem książęcym rozbudował i upiększył konwent. W 1494 i 1498 był gospodarzem kapituł generalnych zakonu dominikańskiego.
Na przełomie 1501/02 Rafanelli ponownie przebywał w Rzymie jako członek delegacji księcia Ferrary na uroczystości ślubne syna księcia Alfonsa z córką papieża Aleksandra VI Lukrecją Borgia.