Próba ta wywołała jednak rozruchy, skutkiem czego król wycofał się z tych planów.
W pierwszej połowie XVI wieku na południu Italii popularność zyskiwały idee hiszpańskiego reformatora religijnego Juana de Valdesa (Valdesianizm). Popierali je przedstawiciele wielu szlacheckich rodów z Kapui, Cavy, Caserty, Larino i Apulii. Z uwagi na słabość dominikańskiej inkwizycji oraz niemal permanentną absencję kolejnych arcybiskupów Neapolu (którymi byli zazwyczaj rezydujący w Rzymie kardynałowie), władze kościelne nie były w stanie skutecznie przeciwdziałać temu. Na dodatek opinia publiczna w Neapolu przeciwna była wprowadzeniu inkwizycji zależnej od władzy zewnętrznej – Hiszpanii lub papieża. W 1547 na życzenie króla Karola V papież Paweł III mianował dwóch dominikanów inkwizytorami Neapolu. Reakcją neapolitańczyków była rewolta, skutkiem czego obie nominacje zostały wycofane. Szczególnie ostro protestowały wyższe warstwy społeczne.