Dalsze pogorszenie wzajemnych relacji przyniosło przejęcie władzy w Syrii przez partię Baas, głoszącą hasła socjalistyczne i panarabskie, a następnie objęcie rządów w Damaszku przez radykalne skrzydło tejże partii. Mimo to w 1967 Jordania zdecydowała się wspólnie z Egiptem i Syrią wziąć udział w kolejnej wojnie z Izraelem, która zakończyła się klęską koalicji państw arabskich.
Kolejny kryzys w stosunkach jordańsko-syryjskich nastąpił w 1970, gdy król Jordanii zdecydował o usunięciu z terytorium kraju zbrojnych formacji palestyńskich, a Syria bezskutecznie interweniowała w ich obronie. Trzy lata później w wojnie Jom Kipur udział Jordanii po stronie arabskiej był jedynie symboliczny. Względnie poprawne relacje obu krajów utrzymały się do momentu, gdy Jordania ogłosiła ponowne udzielenie poparcia Organizacji Wyzwolenia Palestyny, której Syria nie ufała, chcąc, by ewentualne państwo palestyńskie było częścią Syrii lub przynajmniej pozostawało w sferze jej wpływów. W latach 80. XX wieku Jordania udzielała pomocy syryjskim Braciom Muzułmańskim, prowadzącym działania sabotażowe, a następnie także zbrojne, przeciwko autorytarnym i świeckim rządom partii Baas z Hafizem al-Asadem na czele. Do 1991 problemem we wzajemnych relacjach były również bliskie stosunki Jordanii z Irakiem, nieprzyjaznym wobec Syrii.