W 1938 został mianowany szefem sztabu departamentu medycyny w kwaterze głównej SS. W 1939 został profesorem psychiatrii i neurologii na Uniwersytecie w Würzburgu. Od 1940 pełnił też funkcję dyrektora szpitala psychiatrycznego.
Na stanowisku kierownika Akcji T-4 zastąpił go w 1941 Paul Nitsche, co nie przeszkodziło mu nadal brać udziału w akcji w charakterze członka „departamentu Bracka” (nawet po zakończeniu II wojny światowej jego rola w owym departamencie nie została poznana).
W 1944 został odznaczony pierścieniem SS-Totenkopfring, przed zakończeniem wojny awansując do rangi SS-Standartenführera.
Życie po roku 1945 Po zakończeniu II wojny światowej Heyde został internowany i uwięziony, jednak w 1947 udało mu się uciec. Pracował w podziemiu, ukrywając się pod nazwiskiem Fritz Sawade i kontynuował swoją praktykę we Flensburgu jako lekarz sportowców oraz psychiatra. Wielu znajomych i przyjaciół Heydego znało jego prawdziwą tożsamość, jednak milczeli, nawet gdy Heyde był świadkiem w sprawach sądowych. Jego prawdziwa tożsamość została ujawniona w wyniku prywatnej sprzeczki w 1959. Został umieszczony w więzieniu we Frankfurcie nad Menem.