W 2010 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego przekształcił szkołę duchowną w seminarium duchowne, zaś na jego rektora wyznaczył dotychczasowego rektora seminarium w Kostromie archimandrytę Gennadiusza, który nadal pozostaje na tym stanowisku. W tym samym roku na pierwszy rok nauki w seminarium przyjęto 38 kandydatów, wszystkich z Kazachstanu. W 2015 naukę na I roku rozpoczęło 31 osóbВ Алма-Атинской православной духовной семинарии состоялись вступительные экзамены.
Działalność szkoły Seminarium duchowne kształci duchownych, psalmistów i regentów chórów cerkiewnych na potrzeby Metropolitalnego Okręgu Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w Republice Kazachstanu. Nauka odbywa się w trybie stacjonarnym lub zaocznym na dwóch wydziałach, przeznaczonych odpowiednio dla kandydatów na duchownych oraz na regentów chórów. W programie nauczania znajdują się przedmioty wykładane we wszystkich seminariach duchownych Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego (Pismo Święte, teologia dogmatyczna, liturgika, homiletyka, historia Cerkwi i inne, a także języki rosyjski i angielski). Słuchacze uczą się również języka kazachskiego i historii Kazachstanu. Nauka na wydziale pastoralnym trwa pięć lat.