Typ U-3 był ulepszoną wersją projektu pierwszego U-Boota niemieckiej marynarki wojennej, SM U-1, i posiadał podwójny kadłub sztywny z wewnętrznymi zbiornikami balastowymi. Dzięki szczegółowym testom z użyciem modelów okrętu, inżynierom Germaniawerft udało się ulepszyć konstrukcję kadłuba. Każdy z okrętów miał 42,3 metra długości, 4,3 metra szerokości i 3,81 metra zanurzenia. Ich wyporność wynosiła 240 ton na powierzchni i 300 ton w zanurzeniu. Załoga składała się z 21 oficerów i marynarzy. Okręty napędzane były na powierzchni przez dwa 4-cylindrowe, dwusuwowe silniki naftowe o łącznej mocy 600 KM, zaś pod wodą poruszały się dzięki dwóm silnikom elektrycznym o łącznej mocy 320 KM. Poruszający dwoma śrubami układ napędowy zapewniał prędkość 12 węzłów na powierzchni i 8,5 węzła w zanurzeniu. Zasięg wynosił 1200 Mm przy prędkości 12 węzłów na powierzchni i 40 Mm przy prędkości 3 węzłów pod wodą. Okręty podwodne typu U-3 wyposażone zostały w dwie wyrzutnie torpedowe na dziobie i mogły przenosić łącznie trzy torpedy.