Praca naukowa Równolegle do pracy pedagoga Friedrich Kiefer prowadził badania nad widłonogami, dzięki wsparciu naukowemu oraz docenieniu przez hydrobiologa stał się uznanym autorytetem w tej dziedzinie. Opublikował na ten temat ponad 250 prac, wyodrębnił 9 podrodzin, odkrył 45 gatunków 7 rodzajów widłonogów. Zbadał i opisał 292 rodzaje tych zwierząt, w latach 1927-1928 doprowadził do zmiany systematyki rodziny Cyclopidae, a w 1932 do wyodrębnienia rodziny słodkowodnych pelagicznych widłonogów Diaptomidae. Jako pierwszy szczegółowo przebadał faunę żyjącą w luźnych żwirach, wodach podziemnych, osadach dennych wód płynących (strumieni i potoków) oraz stojących. Swoje wnioski podsumował w publikacjach książkowych i podręcznikach, w których opisał świat małych zwierząt żyjących w "śródlądowych drogach wodnych". Najwięcej miejsca zajmują opisy widłonogów należących do zooplanktonu, w tym 130 gatunków Cyclopidae, całość uzupełnia ponad 1500 rysunków i grafik. Wyniki prowadzonych przez Friedricha Kiefera badań sprawiły, że powszechnie zaczęto zwracać większą uwagę na ochronę wód powierzchniowych. Opisana przez niego w 1952 fauna Jeziora Bodeńskiego sprawiła, że w 1954 stworzono specjalną instytucję (Bodensee-Wasserversorgung) zajmującą się kontrolowanym poborem wody z tego akwenu.